陆时，疫病已经横行肆虐于周边，使得各个土着部落人员纷纷病倒，有的部落人口甚至十不存一。这使得不少土着部落对朱清一行报以敌意，认为是他们带来了恶魔。疫病横行也让阿兹特克人也不敢轻易前来地峡，抓取俘虏和征收贡奉，这也是新蜀州能顺利完工的重要原因之一。

    实际上在朱清带人登陆之前，有的土着部落便流行了疫病。这些疫病是余福或更前批的探险队员无意间带去的。朱清不知道的是，外来者带去的流感、天花、痢疾这些疾病，对新大陆的土着来说，简直是生化武器。他们与世隔绝数万年，身体免疫系统根本就无法抵抗这些疾病。在今后的岁月中，正是这些疫病让各个部落人口大减，有的部落甚至因此而灭族。

    欧阳轩在给流求下达探索新大陆任务之初，便专门为探险队撰写了手册，其中的注意事项提到，要推广霹雳军的卫生防疫措施，尽可能帮助土着部落抵抗疾病。余福率领的探险队在新大陆只作了短暂停留，获得了土豆、番薯、玉米等植物之后便匆匆回航。在他之前的探险队，要么全军覆灭于食人族成了食物，要么葬身在丛林泥沼之中，根本来不及落实其理念。朱清登陆之后，倒是做好了探险队自身及友善部落的卫生防疫措施，对于其他土着部落却是无能为力。

    消灭传染源、隔离病人、切断疾病传播途径这些措施，虽然并不能杜绝疫病的发生，却减缓了流行程度。加之探险队医熬制的中草药和科学精心的照料，将友善土着部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便没有这种好运了，死亡率往往在七成以上。特别是有些敌对土着部落，由于保留着食人的习俗，捕获分食了探险队的病弱者，直接吃进了病原体，死亡率在九成以上，甚至整个落部全部病亡，无一幸免。

    在血祭现场见识过阿兹特克人的残忍，又目睹其庞大的武士的数量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船只，又下令增高堡墙，加深壕沟。眼下探险队员只剩下了三百余人，其中不少人是病号，有战斗力的只有两百余人。这两百人中，又有一半左右正在返回的船只上。守卫新蜀州的只有不足一百人，另有友善部落的数百名武士。这点人数，让朱清实在没有底气。

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